Postée il y a 4 heures
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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Vous serez affecté-e dans l’unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse.
L’unité MIAT développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l’environnement.
Vous rejoindrez l’équipe de la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’Institut Français de Bio-informatique) et exercerez votre activité dans une équipe d’une quinzaine de personnes (dont des bio-informaticien-ne-s, une biostatisticien-ne, des informaticien-ne-s et des administrateur-trice-s système).
La plateforme GenoToul-Bioinfo dispose d’une infrastructure système composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs), de plusieurs baies de stockage (7,5 Péta-octets), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.
Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bio-informatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs).
La plateforme collabore dans le cadre de projets coordonnés par des biologistes sur les composantes bioinformatiques voir biostatistiques de leur projet. C’est dans ce cadre que votre CDD se positionne. Vous serez donc amené à analyser des données de metagénomique « genome entier » issues de milieux très complexes (sol et eaux usées) en utilisant le workflow metagWGS et à analyser les résultats (matrice d’abondance taxonomique et fonctionnelle, annotations fonctionnelles spécifiques aux projets ….) en collaboration avec les biologistes des projets.
Vous participerez donc à deux projets de métagénomique en collaboration avec les biologistes que la plateforme GenoToul-Bioinfo accompagne. Le projet INSPECT en partenariat avec Clarisse Mallet (Université Clermont Auvergne) est un projet d’analyse exploratoire recherchant les fonctions bactériennes impliquées dans la spéciation des radioéléments (tel que l'uranium) et les métaux dans des échantillons de sols contenant ces éléments. Les objectifs de ce projet sont d’étudier la composition de la communauté bactérienne et rechercher les fonctions identifiées comme pouvant transformer l'uranium et des métaux associés tel que la sulfato-reduction, les activités phosphatases ainsi que d'autres activités métaboliques dont l'abondance relative serait élevée. Le ou la recruté-e poursuivra le travail d’analyse déjà entamé sur ces données. Le second projet HOSP_ATB est un projet financé par l’ANSES coordonné par Delphine Bibbal (ENVT – Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse) dont l’objectif est d’étudier l'impact d’eaux usées hospitalières sur la dissémination de résistance aux antibiotiques dans les eaux usées. Une analyse de la diversité et des fonctions présentes (en particulier des gènes de résistance aux antibiotiques) sera donc à mettre en œuvre.
Formations et compétences recherchées
Licence/Master (Bac+3/5)
- Vous avez une formation en bio-informatique.
- Vous avez une expérience des clusters de calcul et des systèmes Unix/Linux.
- Une expérience précédente en métagénomique serait un plus.
- Vous connaissez les langages R et python.
- Vous savez vous adapter et travailler en équipe.
- Vous êtes dynamique, polyvalent-e et curieux-se.
- Vous êtes intéressé-e par des collaborations internes et externes.
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
Modalités pour postuler
J'envoie mon CV et ma lettre de motivation
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr