La personne recrutée aura pour mission de produire des banques génomiques pour décrire la diversité génétique de populations de poissons marins. Cette mission s’effectuera dans le cadre du projet ANR DemoMar, qui vise à inférer la démographie récente d'espèces marines exploitées à partir de l'analyse des co-ascendances génomiques partagées entre individus d'une même espèce. La personne recrutée sera formée et accompagnée par du personnel permanent pour la mise en œuvre des techniques moléculaires qui seront utilisées dans le projet, notamment l'extraction d'ADN de haut poids moléculaire et la construction de librairies d'haplotagging. Elle travaillera en coordination avec les différents collaborateurs du projet impliqués dans la collecte des échantillons, le travail de biologie moléculaire et le séquençage sur les plateformes associées.
Activités
- Assurer la bancarisation et la traçabilité des échantillons collectés dans le projet (environ 1600 individus répartis sur 4 espèces).
- Réaliser des extractions d'ADN de haut poids moléculaire sur des échantillons de tissus de poissons, exclure les fragments courts par sélection de taille, et caractériser les fragments obtenus (quantité, longueur, pureté) à l'aide d'instruments de mesure (Nanodrop, Qubit, FemtoPulse).
- Construire des banques génomiques en utilisant le protocole d'haplotagging, basé sur l’utilisation de la transposase Tn5 et d'un marquage des fragments d'ADN grâce à des barcodes moléculaires. Caractériser les banques par électrophorèse sur Fragment Analyzer et dosage qPCR.
- Passer des commandes de consommables et communiquer avec les plateformes en charge du séquençage des banques.
Compétences
Savoirs et connaissances :
- Connaissance des techniques de biologie moléculaire pour l'analyse de la biodiversité intraspécifique.
- Connaissance des règles d'hygiène et sécurité en vigueur dans un laboratoire de biologie moléculaire.
Savoir-faire :
- Extraction d'ADN
- Construction de banques génomiques.
- Rédaction d'un cahier de laboratoire.
- Utilisation des appareils de mesure de l'ADN.
Savoir-être :
- Capacité à communiquer aisément à l'oral, à expliquer ses choix, à exposer l'avancée de ses travaux lors de réunions.
- Attrait pour l'innovation et le développement technologique
- Capacité à travailler en équipe
Contexte de travail
La personne recrutée sera accueilli au sein de l'équipe Biodiversité et Evolution Marines (BEM) de l'ISEM (UMR CNRS 5554) basée à Montpellier (https://isem-evolution.fr/). Elle devra collaborer étroitement avec les deux autres unités partenaires du projet DEMOMAR (MARBEC et CEFE) et s’impliquer dans du travail en groupe. Une collaboration étroite sera mise en place avec les deux doctorants recrutés sur ce projet, ainsi qu’avec le technicien de terrain et les deux ingénieurs de laboratoire de l'ISEM et de MARBEC.
Au sein de l'équipe BEM, la personne recrutée sera sous la responsabilité de P.-A. Gagnaire (DR CNRS). Elle pourra également interagir avec les autres membres de l'équipe BEM et des équipes de MARBEC et du Cefe impliqués directement ou indirectement dans le projet.
Elle aura accès aux infrastructures de l'unité ISEM à travers les plateformes et plateaux techniques que celle-ci héberge, notamment en ce qui concerne les analyses de biologie moléculaire. Elle aura à sa disposition un ordinateur lui permettant un accès aux ressources numériques de l'unité et aux outils de bureautique.
Des informations supplémentaires sur les activités de l'équipe BEM qui héberge actuellement une quinzaine de personnes (chercheurs, post-doctorants, doctorants, ingénieurs, techniciens) est accessible à: https://isem-evolution.fr/equipe/equipe-biodiversite-et-evolution-marines/
La personne recrutée sera accueilli au sein de l'équipe Biodiversité et Evolution Marines (BEM) de l'ISEM (UMR CNRS 5554) basée à Montpellier (https://isem-evolution.fr/). Elle devra collaborer étroitement avec les deux autres unités partenaires du projet DEMOMAR (MARBEC et CEFE) et s’impliquer dans du travail en groupe. Une collaboration étroite sera mise en place avec les deux doctorants recrutés sur ce projet, ainsi qu’avec le technicien de terrain et les deux ingénieurs de laboratoire de l'ISEM et de MARBEC.
Au sein de l'équipe BEM, la personne recrutée sera sous la responsabilité de P.-A. Gagnaire (DR CNRS). Elle pourra également interagir avec les autres membres de l'équipe BEM et des équipes de MARBEC et du Cefe impliqués directement ou indirectement dans le projet.
Elle aura accès aux infrastructures de l'unité ISEM à travers les plateformes et plateaux techniques que celle-ci héberge, notamment en ce qui concerne les analyses de biologie moléculaire. Elle aura à sa disposition un ordinateur lui permettant un accès aux ressources numériques de l'unité et aux outils de bureautique.
Des informations supplémentaires sur les activités de l'équipe BEM qui héberge actuellement une quinzaine de personnes (chercheurs, post-doctorants, doctorants, ingénieurs, techniciens) est accessible à: https://isem-evolution.fr/equipe/equipe-biodiversite-et-evolution-marines/
Contraintes et risques
Travail en présentiel et activités de laboratoire de biologie moléculaire.
Travail en présentiel et activités de laboratoire de biologie moléculaire.