Les progrès réalisés dans le domaine de l'imagerie nous permettent aujourd'hui de saisir les caractéristiques temporelles 3D de la vie. L’objectif de la plateforme MorphoNet est d’offrir une solution complète et fiable de l’exploitation de ces données à travers toutes les étapes de leur analyse. C’est une plateforme dédiée à l’exploration de données biologiques permettant de visualiser, d’interagir et de corriger des ensembles de données d’images en 3D et en 4D (3D+t).
L’interaction avec les données 3D est basée sur un nouveau paradigme : une dualité entre les images segmentées et leur équivalent dans un format maillé qui permet d’offrir une large gamme d’interactions possibles. Cette plateforme se compose d’une part d’un logiciel installable fonctionnant sur les principaux systèmes d'exploitation afin de pouvoir travailler sur ses propres données et d’autre part d’une interface web permettant de partager ses données mais également d’accéder à des données publiques stockées en ligne respectant les principes FAIR. De plus, grâce à une solution de réalité virtuelle, l’application offre de nouvelles possibilités d’interaction permettant ainsi de mieux comprendre l’évolution des formes 3D complexes. Hormis le responsable, les développeurs de la plateforme MorphoNet sont tous en CDD, ce qui rend difficile la mise en production. La mission principale de l’ingénieur(e) recruté(e) est de rendre l’application plus stable, mieux documentée, permettant ainsi de 1) faire face à l’afflux grandissant d’utilisateurs et 2) de pouvoir s’ouvrir à des développeurs extérieurs. Nous voulons également renforcer la capacité d’intégration de nouvelles fonctionnalités développées par les collaborateurs de la plateforme.
Activités
Les activités de l’ingénieur(e) recruté(e) seront de coordonner les développements, de maintenir une communauté open-source, de participer à la formation des utilisateurs, de renforcer la communication, et également de promouvoir la plateforme auprès des industriels.
Activité principale : Coordination de projet pour permettre 1) d’arriver à un niveau de production de la plateforme et 2) une qualité de logiciel Open Source permettant d’inclure des développeurs extérieurs.
Le développement de la plateforme nécessite au quotidien la maintenance d’une dizaine de machines (machines de builds, de stockage, de serveurs et de tests), 6 projets git différents avec 5 langages de programmation, une gestion des bases de données, des backups, de la sécurité du site etc... Le passage en production implique de mettre en place une harmonisation de la gestion de l’ensemble des processus, une meilleure gestion de l’intégration continue avec le développement de tests unitaires, un code mieux documenté, un système de mise à jour opérationnel, des tests d’acceptation, etc... Enfin, nous voulons finaliser les versions ANDROID et IOS fortement demandées par les utilisateurs de la plateforme.
Activité 2 : Intégration de nouveaux développements et veille technologique. En accord avec les retours de la communauté d’utilisateurs nous voulons également développer 2 nouveaux axes : la comparaison des données de morphogenèse 3D comprenant l’analyse statistique de cohortes d’individus, et la curation de données en ligne avec une offre de crowsourcing (en mode jeux sérieux). L’ingénieur recruté devra coordonner l’intégration des divers développements.
Activité 3 : Coordonner les développements ergonomique et graphique. Afin d’avoir un logiciel intuitif pour les end-users, nous envisageons également d’effectuer une refonte de l’ergonomie, du design et une amélioration du graphisme. Cela pourrait passer par une collaboration académique à travers l’encadrement d’un stagiaire ou par la sous-traitance à un industriel externe.
Compétences
Nous désirons recruter un chef de projet développeur.
- Niveau ingénieur ou Master 2 en informatique, mathématiques appliquées ou équivalent. Une thèse dans un de ces domaines serait un plus.
- Maîtrise de divers outils informatiques :
Maitrise des outils de développements (git, intégration continue, etc…)
Maitrise de Unity 3D https://unity.com, de C# et de python.
Maitrise des méthodes en traitement d’images.
Bonne connaissance des langages Web ( PHP, HTML, Javascript, etc…). `
Connaissance des bases de données (Postgres).
- Fonctionnement en développement agile (rôle de Scrum Master puis à terme Product Owner).
- Intérêt pour l'interdisciplinarité notamment à travers la visualisation de données biologiques.
- Niveau suffisant en anglais écrit/parlé pour interagir quotidiennement avec des scientifiques non-francophones.
Contexte de travail
Le projet MorphoNet est localisé au sein de l'équipe de recherche ICAR (spécialisée en traitement informatique des données visuelles) du LIRMM à Montpellier, laboratoire qui dépend de l’Université de Montpellier et du CNRS. L’ingénieur intégrera la service appui à la recherche du LIRMM et travaillera au sein d’une équipe d’informaticiens dans le cadre du projet MorphoNet, en collaboration étroite avec des équipes extérieures de biologistes et d’informaticiens (CRBM, CNRS/Université de Montpellier ; Mosaic, INRIA, Lyon). La plateforme MorphoNet est issue d’une étroite collaboration entre biologistes et informaticiens confrontés au défi de l’exploitation de données 4D de morphogenèse (Science 2020). Grâce à un soutien de la région Occitanie, nous avons développé la première version de l’application qui était exclusivement en ligne et permettait d’interagir et de naviguer avec ces ensembles des données complexes (Nature Communication 2018). Le développement est effectué principalement par le porteur (Chercheur CNRS). Plusieurs ingénieurs en CDD (2 actuellement) et doctorants ont collaboré sur le développement de la plateforme. Nous avons récemment réalisé une version standalone de l’application offrant une capacité de bio-curation sur de grands ensembles de données segmentées en 3D+t. Grâce à un soutien Tech-Transfert de l’infrastructure France BioImaging, nous avons promu cette solution au sein de plusieurs plateformes d’imageries en France. La solution de réalité virtuelle (VR) a été développée dans le cadre d’une thèse puis d’un support d’ingénieur avec des équipes INRIA.
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.
Le projet MorphoNet est localisé au sein de l'équipe de recherche ICAR (spécialisée en traitement informatique des données visuelles) du LIRMM à Montpellier, laboratoire qui dépend de l’Université de Montpellier et du CNRS. L’ingénieur intégrera la service appui à la recherche du LIRMM et travaillera au sein d’une équipe d’informaticiens dans le cadre du projet MorphoNet, en collaboration étroite avec des équipes extérieures de biologistes et d’informaticiens (CRBM, CNRS/Université de Montpellier ; Mosaic, INRIA, Lyon). La plateforme MorphoNet est issue d’une étroite collaboration entre biologistes et informaticiens confrontés au défi de l’exploitation de données 4D de morphogenèse (Science 2020). Grâce à un soutien de la région Occitanie, nous avons développé la première version de l’application qui était exclusivement en ligne et permettait d’interagir et de naviguer avec ces ensembles des données complexes (Nature Communication 2018). Le développement est effectué principalement par le porteur (Chercheur CNRS). Plusieurs ingénieurs en CDD (2 actuellement) et doctorants ont collaboré sur le développement de la plateforme. Nous avons récemment réalisé une version standalone de l’application offrant une capacité de bio-curation sur de grands ensembles de données segmentées en 3D+t. Grâce à un soutien Tech-Transfert de l’infrastructure France BioImaging, nous avons promu cette solution au sein de plusieurs plateformes d’imageries en France. La solution de réalité virtuelle (VR) a été développée dans le cadre d’une thèse puis d’un support d’ingénieur avec des équipes INRIA.
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.